蜱传埃立克体是通过蜱的叮咬进入人体内，经微血管或淋巴道进入有关脏器。经免疫组化分析，发现查菲埃立克体主要存在脾、肝、骨髓和淋巴结等单核-巨噬细胞系统的器官和组织。查菲埃立克体主要侵犯单核巨噬细胞中，偶有淋巴细胞，但不侵入多核白细胞。该病原体在单核巨噬细胞内生长繁殖，直接引起宿主细胞损坏，或诱导机体免疫系统应答，使免疫细胞释放出各种细胞因子和其他炎症介质，导致组织损伤、灶性坏死及肉芽肿形成等。在骨髓中，可见骨髓肉芽肿形成，骨髓增生及巨核细胞增生；在肝脏，形成环状肉芽肿及局灶性肝坏死；在肺脏，可见广泛性肺泡损害、间质性肺炎及肺出血。存肾、脾、心、肝、脑、脑膜、肺等脏器的血管周围可见淋巴细胞浸润，但外周血淋巴细胞减少。

嗜吞噬细胞埃立克体群（包括人嗜粒细胞埃立克体）主要侵犯骨髓前体细胞，在成熟的中性粒细胞中生长繁殖，使中性粒细胞的黏附、游走、吞噬及杀菌能力降低，并影响淋巴细胞，使淋巴细胞有丝分裂及增生减少，抗体产生减少。致使患者易发生机会性细菌、病毒或真菌感染。由于单核-巨噬细胞相对增加，外周血细胞在脾、肝、淋巴结中破坏也会增多，致使患者外周血白细胞及血小板减少。

传染性单核细胞埃立克体主要侵犯单核－巨噬细胞，有全身淋巴结肿大及正常和非典型淋巴细胞增加等感染性单核细胞增多症的主要病理特征，动物感染发现有明显脾肿大。