李时珍《本草纲目》中就有“木瓜性温味酸，平肝和胃，舒筋络”的记载。现代研究也证明，木瓜中含有大量的木瓜蛋白酶，又称木瓜酵素，对动植物蛋白、多酞、酯、酰胺等有较强的水解能力，因此可以解除食物中的油腻。

肉类制品进入人体后，主要由胃分泌的胃蛋白酶和胰腺产生的胰蛋白酶，将肉类中的蛋白质分解为易于人体吸收的小分子物质。而木瓜中所含的木瓜蛋白酶，作用原理与胃蛋白酶和胰蛋白酶完全相同。人们所熟悉的嫩肉粉，就是从木瓜中提取的木瓜蛋白酶加淀粉做成的，只不过其中木瓜蛋白酶含量很少。

值得注意的是，北方生产的木瓜多用来治病，南方的木瓜则多用于食用。木瓜以无斑点、果蒂部分无腐烂的为佳，尤其是尚未成熟的青木瓜是最好的蛋白质“分解器”。因此饭后食用，可以调整肠胃，助消化、通便、清暑解渴、解酒毒、降血压、解毒消肿、驱虫等，还有治疗胃肠炎及消化不良等疾病的效果。但木瓜中的番木瓜碱，对人体有微量毒性，因此每次食量不宜过多。

此外，怀孕时也不能多吃木瓜，以免因子宫收缩导致腹痛。