一、自身免疫反应：多数学者认为本病属于自身免疫性疾病。因为本病并发自身免疫病（如自身免疫性溶血性贫血）者较多，肾上腺皮质激素能使病情缓解，在部分患者的血清中可查到抗结肠上皮细胞抗体，所以认为本病的发生可能与自身免疫反应有关。另外，某些患者感染肠道菌后，可与结肠上皮细胞抗原起免疫反应，损伤结肠粘膜，并且患者的淋巴细胞对胎儿结肠上皮细胞有细胞毒作用，提示怀疑结肠炎的发生还可能与细胞免疫异常有关。

现实生活中工作压力大，心理负担重，以及情绪紧张的时候，人们往往容易生病，原因何在。专家认为，这就是植物神经系统影响免疫系统的表现。当植物神经系统功能紊乱时，免疫系统的功能就会紊乱，进而出现各种顽固性疾病。

比如副交感神经正常活动，可以促进唾液、胃液、肠液、胰液与胰岛素分泌，当副交感神经活动减弱和持续时， 肠液减少导致肠道菌群失衡，结肠炎久治不愈， 而“神经免疫剂”对调节交感神经和副交感神经有特效作用，用它来治疗结肠炎取得了意想不到的疗效。

二、感染：本病的病理变化和临床表现与一些结肠感染性疾病（如细菌性痢疾）相似，因而有些人认为感染是本病的病因。在细菌、真菌和病毒等多种因素中，目前的研究表明病毒的可能性较大。

三、遗传：本病的血缘家庭发病率较高，据欧美文献统计，溃疡性结肠炎病人的直系血缘亲属中，约15-30%的人发病。此外双胞胎的研究表明，单合子比双合子更容易发病，提示本病的发生可能与遗传因素有关。